Der var formentlig ikke fastboende befolkning på Ertholmene før i slutningen af 1600-tallet. Inden da hed øerne Kierkeholmen (nu Christiansø) og Boeholmen (nu Frederiksø).
I 1684 besluttede Christian 5. at bygge et fæstninganlæg på øerne omkring den naturlige havn mellem Kirkeholmen og Bodholmen. Anthon Coucheron fik opgaven og blev den første kommandant. Fæstningen kom til at hedde "Christiansø", og de to hovedøer skiftede navn til Christiansø (efter Christan 5.) og Frederiksø (efter Frederik 4.). Fæstningen bestod af to tårne, Store Tårn på Christiansø og Lille Tårn på Frederiksø, samt nogle bastioner og ringmure. Fæstningens andre bygninger blev opført omkring havnen. Fæstningen fungerede som militært anlæg indtil 1855.
Indbyggertallet toppede ved folketællingen i 1810 med 829 indbyggere. Siden faldt indbyggertallet drastisk, især da fæstningen blev nedlagt.
Efter fæstningstiden blev Ertholmene primært et fiskersamfund. Mange af de gamle militære anlæg er stadig bevaret, og alle bygninger og mure er i dag fredet. Turisme er blevet et stort erhverv på øerne, som årligt besøges af 60-80.000 turister.
Ertholmene er ikke og har aldrig været omfattet af den kommunale inddeling i Danmark. Ertholmene ejes af den danske stat og styres af Forsvarsministeriet.

Kilde: http://da.wikipedia.org/wiki/Christians%c3%b8#Historie